gal1969,
Правильно замечаете, что на медицинские отходы экологическое законодательство не распространяется. Только если внимательно прочитать статью 2 ФЗ № 89 не просто мед отходы, а отходы ЛПУ, то есть все их отходы.
ст. 2, Федеральный закон от 24.06.1998 N 89-ФЗ (ред. от 21.11.2011) "Об отходах производства и потребления"
Статья 2. Правовое регулирование в области обращения с отходами
1. Правовое регулирование в области обращения с отходами осуществляется настоящим Федеральным законом, другими законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, законами и иными нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации, а также муниципальными нормативными правовыми актами.
(в ред. Федеральных законов от 22.08.2004 N 122-ФЗ, от 31.12.2005 N 199-ФЗ)
2. Отношения в области обращения с радиоактивными отходами, с биологическими отходами, с отходами лечебно-профилактических учреждений, с выбросами вредных веществ в атмосферу и со сбросами вредных веществ в водные объекты регулируются соответствующим законодательством Российской Федерации.
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 309-ФЗ)
ст. 16, Федеральный закон от 10.01.2002 N 7-ФЗ (ред. от 21.11.2011, с изм. от 07.12.2011) "Об охране окружающей среды"
Статья 16. Плата за негативное воздействие на окружающую среду
1. Негативное воздействие на окружающую среду является платным.
Формы платы за негативное воздействие на окружающую среду определяются настоящим Федеральным законом, иными федеральными законами.
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 309-ФЗ)
2. К видам негативного воздействия на окружающую среду относятся:
выбросы в атмосферный воздух загрязняющих веществ и иных веществ;
сбросы загрязняющих веществ, иных веществ и микроорганизмов в поверхностные водные объекты, подземные водные объекты и на водосборные площади;
загрязнение недр, почв;
размещение отходов производства и потребления;
загрязнение окружающей среды шумом, теплом, электромагнитными, ионизирующими и другими видами физических воздействий;
иные виды негативного воздействия на окружающую среду.
На сегодняшний день отношения в области обращения с отходами ЛПУ регулируются ФЗ № 323 "Об основах охраны здоровья граждан РФ".
А требования к обращению прописаны в СанПиН 2.1.7.2790-10
нормы экологического законодательства к отходам ЛПУ НЕ ПРИМЕНИМЫ